A principio del año 1996, el Estado Mayor Conjunto de las Fuerzas Armadas de Honduras, a través del Hospital Militar Central de Tegucigalpa, fungiendo en ese entonces como director el Teniente Coronel Rolando Machado, decide abrir en San Pedro Sula una Clínica Regional para la atención de la población de la región noroccidental perteneciente a las Fuerzas Armadas de Honduras en todas sus ramas, así como la atención al personal y sus familiares directos del entonces BANFFAA.
Inicialmente esta clínica se encontraba en las instalaciones de uno de los edificios de BANFFAA, en la parte superior, ubicada en el barrio medina 4ta ave entre 7 y 8 calle, siendo atendida por: un médico general y una licenciada en enfermería, en donde se daba atención primaria, solo consultas y si se necesitaba consulta especializada se remitían a Hospital y Clínica privada que prestaba sus servicios, siendo en ese entonces CEMESA.
En el año 1997, ya con más afluencia de pacientes se decide abrir otra clínica en CEMESA, donde solo se contaba con una secretaria y un médico de enlace entre las instituciones, pero siempre con la clínica en el barrio medina. En ese año el oficial medico de enlace a cargo de las clínicas regionales era el Doctor Francisco Matamoros, quien hacia visitas periódicas para supervisar el funcionamiento de ambas clínicas.
Posteriormente viene a San Pedro Sula como médico encargado y de enlace el Capitán Auxiliar de Sanidad y Ortopeda Doctor Oscar Javier Benítez y luego la Capitán Auxiliar de sanidad y anestesióloga Doctora. María Eugenia Interiano. Contando en ese entonces con ambas clínicas, una para trámites administrativos y la otra para atenciones médicas.
Luego se decide traslado de la clínica de CEMESA a las instalaciones del complejo de BANFFAA, lo que hoy es conocido como el complejo Instituto de Previsión Militar de las Fuerzas Armadas de Honduras, ya se contaba con otro médico para dar atención, a los derecho habientes de las Fuerzas Armadas de Honduras, y la otra clínica para los empleados del banco. Contando siempre con los servicios subrogados de CEMESA donde se atendían las consultas especializadas, cirugías, atenciones de emergencia y hospitalizaciones.
Hacia el año 2000 ya se contaba con dos médicos brindando atenciones, uno en horario matutino de 07:00-13:00hrs y otro en horario de 13:00-19:00hrs, una secretaria asignada y contador, fungiendo como Directora Regional la Capitán Auxiliar de Sanidad y Doctora María Eugenia Interiano.
En el año 2001 se fusionan ambas clínicas debido a que BANFFAA decide no continuar con el Hospital Militar, dándose ya una mejor atención donde se realizaban solamente procedimientos menores.
A partir de Marzo del 2000 a Marzo del 2001 fungió como Director de Hospital Militar Central el Coronel de Caballería DEM Carlos Pedro Montañola Escobar, quien da inicio a la gestión de trámites para la construcción de la Clínica Regional del Norte, en San Pedro Sula ubicada atrás de la 105 Brigada de Infantería.
A partir de Junio 2001 a Marzo 2004 funge como Director del Hospital Militar Central el Coronel de Infantería DEM Mario David Villanueva Reyes, junto con el Sub Director Doctor Octavio Vásquez quienes gestionaron y desarrollaron el proyecto de construcción de la Clínica Militar Regional del Norte, proyecto que inicio en el año 2001, a cargo del Teniente de Ingeniería Norman Amílcar Calidonio, bajo el mando en ese entonces del Comandante en Jefe de las Fuerzas Armadas de Honduras el General Daniel López Carballo, cuya construcción fue el actual edificio horizontal donde se encuentra la consulta externa. Inaugurándose en febrero del 2002, de esta forma se logra el objetivo de ampliar los servicios a militares y derechohabientes en la zona Noroccidental del país.
Fungiendo como Directora la Capitán Auxiliar de Sanidad y Doctora María Eugenia Interiano, contando con seis (6) médicos generales, una Licenciada de enfermería y cinco (5) auxiliares de enfermería en servicio social de la Escuela Técnica del Ejército, brindándose atenciones de: consulta externa, procedimientos menores e ingreso para observación.
En los años subsiguientes fungió como Director el Mayor de Administración Delsy Gilberto Ríos Reyes y la Capitán y Doctora María Eugenia Interiano como Jefe de Servicios Médicos, ya para ese entonces se contaba con las especialidades de Pediatría, Ginecología , Cirugía general , Ortopedia.
Se amplia sala de hospitalización contando con más personal auxiliar de enfermería, con dos Licenciadas de enfermería y personal administrativo. Se realizan con muy buen resultado las primeras cirugías y se comienza a hospitalizar pacientes, así como atención de emergencias las 24 horas.
Después de tres años el Mayor Delsy Gilberto Ríos Reyes, hace entrega de la dirección al Coronel Acosta Avelar quien fungió durante 4 meses entregando el cargo al Teniente Coronel DEM. de Sanidad Josué Luis Hernández Canales dando inicio al proyecto de construcción del edificio donde están actualmente ubicados las salas de hospitalización y quirófano .
Luego funge como director del Hospital el Teniente Coronel DEM. Núñez Pereira, ya con el edificio terminado, inaugurando las nuevas instalaciones; que cuenta con tres pisos, para una capacidad instalada de 30 camas, siendo utilizado el primer piso con 6 habitaciones dobles.
Posteriormente asume la dirección el Teniente Coronel DEM Sevilla, seguido por el Coronel DEM Moisés Espinal, quien amplio las áreas de consulta externa, emergencia y especialidades médicas aumentando así la afluencia de pacientes derechohabientes y civiles.
Al terminar la administración del Coronel Espinal, entrega al Teniente Coronel de Ingeniería Oscar Orlando Castillo Cáceres, quien inicia el funcionamiento de: segundo y tercer piso de hospitalización, segundo quirófano, las unidades de cuidados intensivos adultos, pediátricos y neonatales, Cuidados Intermedios, sala de Endoscopia, Sala de Labor y Parto, Sala de Cuidados Coronarios, Modulo de Odontología, Tomografía Axial Computarizada, Ultrasonido, Mamografía, Laboratorio propio del Hospital Militar y tres cubículos nuevos que serán distribuidos para Servicios Médicos y otros, además de ampliación de capacidades instaladas del Hospital que posteriormente se detallaran. En cuanto a recurso humano se aumentan las capacidades en el área médica completando veintiocho (28) especialidades, permaneciendo médicos contratados por veinticuatro (24) horas en el área de emergencia como ser: Pediatra, Medicina Interna y Cirugía General además se contrataron médicos al llamado en las áreas de Radiología, Ginecología, Neurocirugía, Cirujano de tórax y otros que ayudan al fiel cumplimiento de la misión asignada al Hospital Militar Regional del Norte.